九中的前身是建立于1946年的河北宛平私立门头沟中学，校址在门头沟区城子镇。1949年5月21日，学校被命名为“北平市立第九中学”，1952年，位于现址的分校成为主校，1954年门头沟分校改为五十二中，后又分为大峪中学和城子中学。 1978年，为了促进教育逐步发展，市政府确立了包括九中在内的25所重点中学。改革开放以来，随着教育政策的不断优化、师生员工的不懈努力，升学率保持在很高的水平，办学特色也日益凸显，学校进入良性发展的轨道。进入本世纪以来，为扩大优质教育资源，政府启动了示范校建设工程，2002年九中通过专家组认定成为高中示范校。在固有办学特色的基础上，九中在校园文化建设、可持续发展教育、国际意识教育等方面也取得了长足的进步，办学水平稳步提升。当前，九中人正按照科学的发展规划，与时俱进，努力建设北京一流的创新型、特色型、开放型学校
北京九中的培养目标是“关注健康，尊重个性，培养勇于负责、善于学习的现代公民”，办学理念是“树立民主意识，坚持以人为本，一切为了学生和教师的发展”，办学宗旨是“培养身心健康、人
格健全、学有所长、和谐发展的全人”。
北京九中于2009年将北方工业大学附属中学建立为九中初中部，并创办石景山教育集团，将带动全石景山区教育事业的发展。
九中60%的教师达到研究生水平，除必修课外还开设了50余门选修课和活动课，组建了20多个文学、科技、文艺方面的学生社团。金帆舞蹈团多次荣获全国、北京市一等奖，经常参加对外友好交流演出。艺术体操队22年蝉联北京市冠军。“战神”篮球学校是CUBA中国大学生篮球人才培训基地。田径运动队为国家输送了80多名专业运动员。九中是北京市重点对外参观单位、招收外籍学生学校。学校曾接待来自多个国家的数十个访问团体，经常组织师生赴境外考察，足迹遍及亚、欧、美、澳各大洲。九中现有数十名留学生就读，建有留学生公寓和餐厅，历届毕业留学生均考入中国知名学府。