深圳实验幼儿园始建于1986年，1988年开园投入使用。2006年，深圳实验幼儿园的一处小礼堂率先被鉴定为危房。
2008年，汶川大地震后，深圳市对全市学校幼儿园进行了抗震安全排查整治，经专业机构鉴定，深圳实验幼儿园被评定为Dsu（即危险级）的最低级别，需拆除重建。2012年3月，深圳新闻网率先报道了深圳实验幼儿园将整体搬迁到侨香村的消息，在市民中引起强烈反响。当时，有关方面称百花片区旧址的危楼将于2012年下半年启动重建。在有关部门的关注下，深圳市发改委审批同意立项，预计2012年下半年动工重建，预计2013年下半年开园。深圳实验幼儿园扩建后，园区的总建筑面积将由现在的3662平方米，扩大到5940平方米。教学班从目前的9个增加到15个。